В 1295 году король Швеции Кнут Магнуссон сообщил в Любеке, представителям Ганзейского союза, что теперь купцы этих городов могут свободно прибывать в Выборг и торговать с новгородцами, потому что Выборг был построен для обеспечения безопасности судоходства. К 1336 году со стороны берега Финского залива, возвели пристань на высоких сваях для купеческих судов. В торговом договоре Ревеля от 1336 года, Выборг значился уже городом несмотря на то, что официально закрепленных привилегий у него пока не было. Не смотря на политические разногласия до XV века Выборгская гавань была местом притягательной торговли для купцов из Ганзейского союза и России.
В 1527 г. Выборг официально становится стапельным городом. Это решение фактически принуждает владельцев кораблей вести торговлю между Новгородом, Стокгольмом и Ганзейским союзом в Выборге.
С 1614 года Выборг стал центром торговли региона, а в период с 1742 по 1811 годы в его порт из СПб и Кронштадта прибыло 4313 судов. С 1849 по 1908 в Северной гавани были введены в эксплуатацию причалы, якорные стоянки для барж протяженностью 2320 метров. Ввод Сайменского канала и железной дороги дало возможность образовать новые Торговые дома в Восточной Финляндии, что позволило увеличить оборот грузовых и пассажирских перевозок порта Выборга.
В 1875 году был образован внешний порт Высоцк (Тронгзунд до 1917 г, Уурас с 1917 -1948), а в 1890 году закончились работы по углублению фарватера в Выборге, что позволило дополнительно увеличить возможности порта. В период Зимней и Второй мировой войн порт не функционировал С 1956 года возобновлена морская пассажирская линия, соединившая Выборг и Высоцк.
В 1959 году Выборгский морской торговый порт занял ведущее место среди советских балтийских морских портов по экспорту сырья для целлюлозно-бумажной промышленности. К середине 80-х годов Выборгский порт достиг рекордных производственных показателей в перевалке грузов.
Сегодня ООО «Порт Логистик» – стивидорная компания, являющаяся единственным оператором морского порта Выборг – оказывает услуги по перевалке минеральных удобрений, пеллет, угля, руды, леса, металлолома, гидроксида алюминия, химических наливных грузов. В летнюю навигацию порт осуществляет прием пассажирских судов.
Сегодня общая площадь порта составляет – 16,2 га.
